La Réserve Naturelle Régionale du Polder de Sébastopol est gérée par la Communauté de Communes de l’île de Noirmoutier en partenariat avec la Région qui finance 25 % des activités prévues au plan de gestion.
Le Polder est un site remarquable où nichent de nombreuses espèces d'oiseaux migrateurs qui profitent des zones humides environnantes et de la richesse de l'estran. On peut ainsi observer l'avocette élégante, l'échasse blanche, le chevalier gambette, la sterne pierragarin et la sous-espèce "namnetum" du gorge bleue à miroir blanc (taxon endémique). La loutre d'Europe y est également présente.
De nombreuses actions sont organisées pour protéger ce milieu riche et fragile et sensibiliser le public :
- aménagement des marais pour faciliter la reproduction des oiseaux d’eau
- curage des fossés
- baguage d'oiseaux pour mieux comprendre leurs migrations
- interventions pédagogiques et journées de découverte du polder