La taxe GEMAPI, plafonnée à 40 euros par an et par personne est utilisée pour financer la compétence intercommunale. Les recettes ainsi levées doivent être exclusivement utilisées pour financer les actions liées à la compétence GEMAPI.  Sur l’Ile de Noirmoutier, la taxe permet de percevoir chaque année 378 000€. 

Ce montant ne permet pas de financer entièrement les dépenses relatives à la politique de défense contre les inondations, évaluées à 2 millions d’euros annuellement. C’est pourquoi, le budget principal de la Communauté de Communes complète largement la taxe GEMAPI afin de garantir les ressources nécessaires pour la gestion des milieux aquatiques et la prévention des inondations.

Un système d'endiguement est un ensemble d'ouvrages hydrauliques conçus pour protéger une zone spécifique contre les inondations et les submersions. Il est composé de digues, perrés, cordons dunaires, épis, digues de second rang ou routes. 

La Communauté de communes a identifié les zones protégées qui, sans les digues, seraient inondées par les évènements marins extrêmes. Deux « zones protégées » ont été cartographiées en raison de leur faible altimétrie, elles sont sécurisées grâce à la présence de près de 32 kilomètres de digues.

Sur la base d’études techniques, la Communauté de communes a pris la responsabilité de protéger le territoire jusqu’à un certain « niveau de protection » qui s’applique au système d’endiguement. Ce niveau correspond à la hauteur jusqu’à laquelle la collectivité s’est engagée à ce qu’aucun débordement n’intervienne dans la zone protégée.

La servitude MAPTAM, issue de la loi de Modernisation de l'Action Publique Territoriale et d'Affirmation des Métropoles, permet à la Communauté de Communes d’être en légalité pour accéder aux digues des systèmes d’endiguement situées en partie sur des parcelles privées. Ces servitudes sont essentielles pour maintenir et entretenir les ouvrages de protection et assurer la sécurité de la population vis-à-vis du risque d’inondation par submersion marine.